Le jeu, qui se déroule dans le monde fantastique de Hoenn, donne aux joueurs la mission de maintenir l'équilibre entre Kyogre et Groudon, qui ont été tous deux réveillés par la Team Aqua et la Team Magma. Le légendaire Rayquaza jouera un rôle clé dans l'accomplissement de ce défi. Les joueurs commencent comme dresseur débutant en choisissant un des trois Pokémon de départ. Ils doivent entraîner leur Pokémon et le faire progresser pour les confronter à des adversaires toujours plus coriaces. Les Pokémon sauvages rencontrés au cours du périple peuvent aussi être capturés et entraînés au combat pour aider le joueur.

Pokémon Version Emeraude met en scène des personnages et des lieux familiers de Pokémon Version Rubis et de Pokémon Version Saphir. L'intrigue particulièrement bien ficelée, servie par des graphismes améliorés, fait intervenir des personnages et des lieux retravaillés, le tout agrémenté de nouveaux effets sonores.

Pour la première fois, les joueurs peuvent capturer Groudon, Kyogre et Rayquaza dans le même jeu, sur la même cartouche, sans avoir besoin de faire des échanges avec leurs amis. Dans Pokémon Version Emeraude, plus de 20 Pokémon, dont les fameux Simularbre, Wattouat et Ecremeuh, apparaissent pour la première fois sur Game Boy Advance.

Après avoir battu le Conseil 4 de Hoenn et passé l'épreuve pour devenir le Champion Pokémon de Hoenn, les joueurs pourront continuer à tester leur adresse sur la toute nouvelle Zone de Combat. Ils devront alors se lancer dans un tournoi dans une des sept zones de combat à thème, pour gagner des points qui leur serviront à acheter des objets rares et exclusifs.

Et pour couronner le tout, les joueurs pourront capturer des Pokémon légendaires extrêmement rares ; mais pour les ajouter à leur Pokédex, il leur faudra déployer toute leur habilité et ingéniosité. Avec Pokémon Version Emeraude, les joueurs pourront compléter leur collection en faisant des échanges avec leurs amis. Il sera aussi possible de se connecter avec Pokémon Version Rubis et Pokémon Version Saphir, Pokémon Versions Rouge Feu et Vert Feuille ou Pokémon Colosseum pour tous les attraper.

Pokémon Version Emeraude sera lancé sur Game Boy Advance le 21 octobre 2005 au prix maximum de 40 euros en Europe.